Społeczności
Interakcje między mikroorganizmami, struktura biofilmów i mechanizmy współpracy oraz konkurencji.
- Biofilm jako zorganizowana społeczność
Biofilm jako proces ekologiczny i żywy materiał: zasiedlanie, efekt założyciela, architektura, przepływ, konkurencja, dyspersja oraz właściwy dobór miary.
- Macierz EPS, gradienty i heterogeniczność biofilmu
Macierz jako uwodniony kompozyt oraz biofilm jako układ reakcyjno-transportowy: EPS, eDNA, mechanika, gradienty tlenu, pH i redoks oraz przestrzenne stany komórek.
- Quorum sensing i komunikacja chemiczna
Quorum sensing jako układ produkcji, transportu i odbioru sygnału: AHL, peptydy, AI-2, PQS, przepływ, heterogeniczność, współpraca i pułapki dowodowe.
Siedliska
Środowiska naturalne i techniczne jako odmienne układy selekcji, transportu i aktywności mikroorganizmów.
- Gleba jako siedlisko mikroorganizmów
Gleba jako porowaty, wielofazowy reaktor: agregaty, filmy wodne, mikrostrefy tlenowe i beztlenowe, materia organiczna, sieć troficzna oraz właściwe metody próbkowania.
- Wody słodkie, osady i strefy redoks
Jeziora, rzeki i osady jako układy transportu i reakcji: stratyfikacja, tlen, pionowe strefy redoks, materia organiczna, strefa hyporeiczna oraz metody pomiaru.
- Ocean, pętla mikrobiologiczna i produkcja pierwotna
Mikrobiologiczny obieg materii w oceanie: produkcja pierwotna, DOM i pętla mikrobiologiczna, wirusy, marine snow, pompa biologiczna oraz życie głębinowe.
Cykle pierwiastków
Metabolizm mikroorganizmów w skali ekosystemu: obieg węgla, azotu, siarki, żelaza i fosforu.
- Mikrobiologiczny obieg węgla i metanu
Wiązanie i mineralizacja węgla, beztlenowy łańcuch rozkładu, szlaki metanogenezy, tlenowe i beztlenowe utlenianie metanu oraz bilans emisji.
- Wiązanie azotu, nitryfikacja, denitryfikacja i anamoks
Pełna sieć przemian azotu: diazotrofia i nitrogenaza, amonifikacja, nitryfikacja bakterii, archeonów i comammox, denitryfikacja, DNRA, anamoks oraz emisja N₂O.
Mikrobiomy i One Health
Mikrobiomy gospodarzy i środowiska oraz wspólna perspektywa zdrowia ludzi, zwierząt, roślin i ekosystemów.
- Mikrobiota, mikrobiom i metagenom — terminy niezamienne
Precyzyjne rozróżnienie mikrobioty, mikrobiomu i metagenomu oraz tego, co naprawdę mierzą amplikony 16S/ITS, shotgun, MAG, metatranskryptom, metaproteom i metabolom.
- Mikrobiom człowieka i pułapki wnioskowania przyczynowego
Jak odróżnić korelację od przyczynowości w badaniach mikrobiomu: konfuzja, odwrotna zależność, czas, interwencje, transfery do modeli, mediacja i walidacja mechanizmu.
- One Health: człowiek, zwierzęta, rośliny i środowisko
Jak śledzić i przerywać przepływ patogenów, genów oporności i zanieczyszczeń między ludźmi, zwierzętami, roślinami, żywnością, wodą i ekosystemami.
