Mikroorganizmy, laboratoria i biotechnologia od podstaw

Start

Mapa mikroświata›

Czym zajmuje się mikrobiologia i gdzie przebiegają jej granice Gatunek, szczep, klon, izolat i kultura — pojęcia, których nie wolno używać zamiennie Wirus, wirion, bakteriofag, wiroid i prion — pięć różnych pojęć Bakterie, archeony i mikroorganizmy eukariotyczne — podobna skala, trzy różne historie Jak zapisuje się i aktualizuje nazwy mikroorganizmów Od fenotypu i 16S rRNA do ANI oraz klasyfikacji genomowej Historia mikrobiologii: od mikroskopu do metagenomiki Bakterie i archeony według funkcji

Rozmiar, kształt i organizacja komórki prokariotycznej Błony, ściana i osłony bakterii Gram-dodatnich oraz Gram-ujemnych Transport przez błonę i homeostaza osmotyczna Nukleoid, rybosomy, cytoszkielet i materiały zapasowe Mikroprzedziały, magnetosomy, karboksysomy i pęcherzyki gazowe Endospory i inne formy przetrwalne Rzęski, fimbrie, ruch i chemotaksja

Wzrost i metabolizm›

Co naprawdę przedstawia krzywa wzrostu populacji OD, JTK, liczba komórek i sucha masa — różne miary biomasy Temperatura, pH, tlen, zasolenie i ciśnienie jako czynniki wzrostu ATP, gradient protonowy i bilans redoks Glikoliza, cykl TCA i centralny metabolizm węgla Oddychanie tlenowe, beztlenowe i fermentacja Fototrofia, chemolitotrofia, metylotrofia i metabolizm C1 Stan stacjonarny, głód, persystencja i śmierć komórek

Genom bakterii›

Chromosom, nukleoid, replikony i chromidy Replikacja i segregacja chromosomu bakteryjnego Mutacje oraz naprawa uszkodzeń DNA Operony, promotory i czynniki sigma Transkrypcja, translacja i ich sprzężenie u bakterii

Mobilom i ewolucja›

Plazmid jako naturalny element mobilomu Transpozony, integrony, kasety i wyspy genomowe Transformacja, transdukcja i koniugacja

Wirusy i fagi›

Budowa wirionu i typy genomów wirusowych Klasyfikacja Baltimore’a i jej ograniczenia Jak wirus wykorzystuje komórkę gospodarza Bakteriofagi: adsorpcja, cykl lityczny i lizogenia

Społeczności›

Biofilm jako zorganizowana społeczność Macierz EPS, gradienty i heterogeniczność biofilmu Quorum sensing i komunikacja chemiczna

Gleba jako siedlisko mikroorganizmów Wody słodkie, osady i strefy redoks Ocean, pętla mikrobiologiczna i produkcja pierwotna

Cykle pierwiastków›

Mikrobiologiczny obieg węgla i metanu Wiązanie azotu, nitryfikacja, denitryfikacja i anamoks

Mikrobiomy i One Health›

Mikrobiota, mikrobiom i metagenom — terminy niezamienne Mikrobiom człowieka i pułapki wnioskowania przyczynowego One Health: człowiek, zwierzęta, rośliny i środowisko

Kolonizacja, zakażenie, choroba i nosicielstwo Wrota zakażenia, dawka i podatność gospodarza Adhezja, inwazja i rozsiew w organizmie Egzotoksyny, endotoksyna i superantygeny Bakteriemia, wiremia i sepsa — terminy niezamienne

Od pytania klinicznego do właściwej próbki Pobieranie, transport i przechowywanie materiału Kontaminacja próbki a rzeczywiste zakażenie Mikroskopia i barwienie w diagnostyce Posiew, kultura czysta i identyfikacja fenotypowa PCR, qPCR i diagnostyka syndromowa Czułość analityczna, kliniczna, swoistość i wartość predykcyjna

Leki i oporność›

Cele działania antybiotyków MIC, MBC i strefa zahamowania wzrostu Enzymy unieczynniające, zmiana celu, efflux i ograniczenie przepuszczalności Oporność wrodzona, nabyta i tolerancja

Epidemiologia›

Łańcuch epidemiczny i drogi transmisji Zapadalność, chorobowość, śmiertelność i letalność Endemia, epidemia, pandemia, ognisko i klaster

Od szczepu do produktu›

Jak wybiera się bezpieczny organizm platformowy Szczep referencyjny, produkcyjny i izolat środowiskowy Inokulum, upstream, hodowla i downstream Hodowla okresowa, zasilana i ciągła Titer, yield i productivity — trzy miary procesu

Co kontroluje bioreaktor Mieszanie, napowietrzanie i transfer tlenu pH, temperatura, piana i odprowadzanie ciepła Bioreaktor mieszadłowy, airlift i kolumna barbotażowa Od kolby do bioreaktora — co nie skaluje się liniowo

Organizmy i produkty›

Enzymy, kwasy organiczne i aminokwasy

Żywność i środowisko›

Fermentacja mlekowa, alkoholowa i mieszana Aktywność wody, temperatura i trwałość mikrobiologiczna

Organizacja pracowni›

Laboratorium dydaktyczne, domowe i instytucjonalne Jak zaprojektować bezpieczny projekt mikrobiologiczny niskiego ryzyka Aseptyka i kontrola jałowości Etykietowanie, identyfikowalność i dokumentacja próbki Dlaczego nieznany izolat nie jest automatycznie bezpieczny

Techniki podstawowe›

Podłoża ogólne, selektywne, różnicujące i wzbogacające Izolowanie kolonii a dowód czystości kultury Posiew redukcyjny, powierzchniowy, wgłębny i filtracja membranowa Mikroskop jasnego pola, kontrast fazowy i fluorescencja Spektrofotometria i pomiar gęstości optycznej Przechowywanie i transport kultur

Sprzęt mikrobiologiczny›

Komora laminarna a komora bezpieczeństwa biologicznego — różnice sprzętowe

Bioanalityka i jakość›

Kontrola dodatnia, ujemna, blank i materiał odniesienia Powtórzenie techniczne a biologiczne Dokładność, precyzja, odzysk, liniowość, LoD i LoQ Walidacja i weryfikacja metody Niepewność wyniku mikrobiologicznego

Bezpieczeństwo

Zagrożenie, ryzyko, ekspozycja i konsekwencja Ocena ryzyka przed rozpoczęciem pracy Grupa ryzyka organizmu a poziom zabezpieczeń laboratorium Aerozole jako niewidoczna droga ekspozycji Środki ochrony indywidualnej i zabezpieczenia pierwotne Dekontaminacja, dezynfekcja, sterylizacja i antyseptyka Odpady biologiczne i weryfikacja inaktywacji Rozlanie, zakłucie i inne incydenty laboratoryjne Laboratorium niskiego i wysokiego ryzyka — różnice bez instrukcji budowy Kiedy projekt wymaga laboratorium instytucjonalnego

Biosafety a biosecurity Materiał, technologia i informacja podwójnego zastosowania

GMM i zamknięte użycie w Polsce Kategorie zagrożenia GMM

Modele i obliczenia›

Parametry wzrostu z dwóch pomiarów Prognoza wzrostu populacji Czas wzrostu do wartości docelowej Kalkulator chemostatu i progu wypłukania Kalkulator kinetyki hodowli okresowej Kalkulator JTK z wielu płytek Planer szeregu rozcieńczeń Kalkulator uzysku, produktywności i bilansu substratu

Analiza i decyzje›

Koszt zakłócenia fermentacji i wartość monitoringu Fałszywa epidemia — obciążenie laboratorium Bioreaktor jako cel cyberataku — odporność sterowania Patogen bez patogenu — bilans kampanii VLP Fabryka pod nadzorem — widoczność kampanii Wewnętrzny przeciwnik w biobanku — ekspozycja zasobów Atak na ciągłość chłodniczą — skutki odchylenia Czy dekontaminacja nadąży? — bilans inaktywacji Schemat dekontaminacji wyrobów według Spauldinga Porównywarka metod pomiaru biomasy Interaktywna mapa cykli biogeochemicznych Drzewo doboru metody identyfikacji mikroorganizmu

Dokumentacja›

Wzrost populacji i czas generacji Chemostat i próg wypłukania Kinetyka hodowli okresowej JTK i szereg rozcieńczeń Uzysk, produktywność i bilans substratu Koszt zakłócenia fermentacji Fałszywy alarm i obciążenie laboratorium Odporność sterowania bioreaktorem Kampania VLP i cząstki jednocyklowe Widoczność śladów kampanii Architektura dostępu do biobanku Odchylenie ciągłości chłodniczej Zdolność dekontaminacji i inaktywacji Dekontaminacja wyrobów według Spauldinga Metody pomiaru biomasy Cykle biogeochemiczne Dobór metody identyfikacji mikroorganizmu

Misja O nas Redakcja Legalność treści Polityka AI

„Wewnętrzny przeciwnik w biobanku”

Dokumentacja: role, niezależne bariery, logi i inwentaryzacja.

Ocena architektury dostępu bez wskazywania materiałów i bez porad obchodzenia kontroli.

Liczba ról Zasada dwóch osób Rozdzielenie uprawnień Niezależne bariery Inwentaryzacja [dni] Przegląd logów [dni] Niezależne logi