Genom bakterii
Organizacja, kopiowanie, naprawa i ekspresja genomów bakteryjnych i archealnych.
- Chromosom, nukleoid, replikony i chromidy
Od genomu i replikonu przez chromosomy koliste i liniowe, chromidy, megaplazmidy i poliploidię po topologię, domeny oraz metody badania nukleoidu.
- Replikacja i segregacja chromosomu bakteryjnego
Od kontroli oriC i dynamicznego replisomu przez terminację, topologię DNA i dekatenację po ParABS, kondensyny oraz bezpieczne przekazanie chromosomów komórkom potomnym.
- Mutacje oraz naprawa uszkodzeń DNA
Od rozróżnienia uszkodzenia, błędu i mutacji przez BER, NER oraz MMR po rekombinację homologiczną, translezję, regulon SOS i wiarygodny pomiar tempa mutacji.
- Operony, promotory i czynniki sigma
Od jednostek transkrypcyjnych i złożonych wariantów operonów przez architekturę promotorów i regulację lac po alternatywne sigma, ECF, anty-sigma oraz odrębny mechanizm σ54.
- Transkrypcja, translacja i ich sprzężenie u bakterii
Od elongacji, pauz i terminacji transkrypcji przez pełny cykl rybosomu po expressome, atenuację, Rho oraz systemy ratowania zatrzymanej translacji.
Mobilom i ewolucja
Plazmidy, transpozony, wyspy genomowe i horyzontalny transfer genów jako mechanizmy adaptacji populacji.
- Plazmid jako naturalny element mobilomu
Naturalny plazmid jako modułowy replikon: mechanizmy replikacji, kontrola liczby kopii, partycja, niezgodność, mobilność, zakres gospodarzy oraz ewolucyjny koszt.
- Transpozony, integrony, kasety i wyspy genomowe
Mechanizmy transpozycji, architektura IS i Tn, przechwytywanie kaset przez integrony oraz rozpoznawanie aktywnych i zdegradowanych wysp genomowych.
- Transformacja, transdukcja i koniugacja
Trzy główne drogi horyzontalnego transferu DNA porównane od nośnika i aparatu wejścia po rekombinację, replikację, zakres gospodarzy i trwałe dziedziczenie.
Wirusy i fagi
Budowa, klasyfikacja i cykle wirusów oraz bakteriofagów przedstawione mechanistycznie, bez instrukcji namnażania czynników chorobotwórczych.
- Budowa wirionu i typy genomów wirusowych
Od quasi-równoważności kapsydu i helikalnych RNP po osłonkę, pakowanie DNA, topologię, polarność, segmentację i pomiar kompletności wirionu.
- Klasyfikacja Baltimore’a i jej ograniczenia
Siedem dróg od genomu do mRNA porównanych z uwzględnieniem wymaganych polimeraz, pośredników replikacji, dowodów doświadczalnych i granic wobec taksonomii ICTV.
- Jak wirus wykorzystuje komórkę gospodarza
Warstwowy model zależności wirus–gospodarz: od transportu i rybosomów przez organelle replikacyjne, metabolizm i proteostazę po obronę wrodzoną oraz dowodzenie przyczynowości.
- Bakteriofagi: adsorpcja, cykl lityczny i lizogenia
Od zderzenia z receptorem i dostarczenia genomu przez program wczesny, replikację, montaż oraz lizę po profaga, przełącznik λ i poprawną interpretację PFU, MOI oraz krzywej jednego cyklu.
