Patogeneza

Relacja patogen–gospodarz od kolonizacji i adhezji po rozsiew, toksyny i odpowiedź ogólnoustrojową.

  • Kolonizacja, zakażenie, choroba i nosicielstwo

    Jak odróżniać ekspozycję, kontaminację, kolonizację, zakażenie bezobjawowe, chorobę, latencję i nosicielstwo na podstawie niszy, czasu, szkody i transmisji.

  • Wrota zakażenia, dawka i podatność gospodarza

    Jak droga wejścia, dawka dostarczona i efektywna, tropizm, bariery, odporność oraz mikrobiota wspólnie kształtują prawdopodobieństwo zakażenia i choroby.

  • Adhezja, inwazja i rozsiew w organizmie

    Od pierwszego wiązania z receptorem przez przejście trans- i parakomórkowe po rozsiew limfatyczny, krwiopochodny, wewnątrz leukocytów i wzdłuż nerwów.

  • Egzotoksyny, endotoksyna i superantygeny

    Mechanizmy działania toksyn białkowych, porów, LPS/LOS i superantygenów oraz różnice między genem, aktywną cząsteczką, jednostką endotoksynową i skutkiem u gospodarza.

  • Bakteriemia, wiremia i sepsa — terminy niezamienne

    Jak odróżniać obecność drobnoustroju lub jego genomu we krwi od zakażenia krwi, sepsy i wstrząsu oraz prawidłowo interpretować posiew, DNAemię i dysfunkcję narządową.

Dżuma: biologia, klinika i epidemie

Monograficzne ujęcie Yersinia pestis i dżumy: ewolucja, cykl ekologiczny, patogeneza, postacie kliniczne, diagnostyka, leczenie, kontrola, historia i współczesne ryzyko.

Wąglik: badania i historia

Biologia i zdrowie publiczne, legalne badania laboratoryjne, ośrodki w Puławach, historia programów broni biologicznej oraz studia przypadków Swierdłowska i ataków listowych z 2001 roku.

Brak artykułów w tej podgrupie.

Zoonozy: rezerwuary i transmisja

Porównanie patogenów, wektorów, rezerwuarów i dróg ekspozycji: od miar zakaźności i letalności przez choroby przenoszone przez pchły po tularemię, wąglik i hantawirozy.

Brak artykułów w tej podgrupie.

Diagnostyka

Przedanalityczna, analityczna i interpretacyjna droga od pytania klinicznego do wiarygodnego wyniku mikrobiologicznego.

  • Od pytania klinicznego do właściwej próbki

    Jak przełożyć decyzję kliniczną, lokalizację zakażenia i fazę choroby na wybór reprezentatywnego materiału, analitu oraz metody mikrobiologicznej.

  • Pobieranie, transport i przechowywanie materiału

    Jak objętość, aseptyka, podłoże, atmosfera, temperatura, czas i opakowanie zachowują tożsamość, integralność oraz bezpieczeństwo próbki mikrobiologicznej.

  • Kontaminacja próbki a rzeczywiste zakażenie

    Jak odróżniać zakażenie, kolonizację i kontaminację na podstawie miejsca pobrania, niezależnych próbek, ilości sygnału, gospodarza, kontroli oraz wzorca całego procesu.

  • Mikroskopia i barwienie w diagnostyce

    Od rozdzielczości, kontrastu i preparatyki przez barwienia Grama, kwasooporne, grzybicze i Giemsy po czułość, artefakty, kontrolę jakości oraz bezpieczne raportowanie obrazu.

  • Posiew, kultura czysta i identyfikacja fenotypowa

    Jak podłoże, sposób posiewu, atmosfera i inkubacja selekcjonują wzrost oraz jak przejść od kolonii przez kulturę czystą do ostrożnej identyfikacji fenotypowej.

  • PCR, qPCR i diagnostyka syndromowa

    Od cyklicznej amplifikacji, starterów i sond przez Cq, ekstrakcję oraz kontrolę inhibicji po korzyści i pułapki wielocelowych paneli syndromowych.

  • Czułość analityczna, kliniczna, swoistość i wartość predykcyjna

    Jak odróżniać LoD od czułości klinicznej, zbudować tabelę 2×2, obliczać PPV, NPV i ilorazy wiarygodności oraz oceniać próg, ROC, bias i użyteczność testu.

Leki i oporność

Mechanizmy działania leków przeciwdrobnoustrojowych, pomiar wrażliwości i biologiczne podstawy oporności.

  • Cele działania antybiotyków

    Mapa bakteryjnych celów leków: peptydoglikan, błony, rybosom, polimeraza RNA, topoizomerazy, foliany i energetyka — od dostępu do celu po skutek populacyjny.

  • MIC, MBC i strefa zahamowania wzrostu

    Co mierzą MIC, MBC i średnica strefy, jak powstają w metodach rozcieńczeniowych i dyfuzyjnych oraz dlaczego wynik zależy od standaryzacji, kontroli jakości i właściwej interpretacji.

  • Enzymy unieczynniające, zmiana celu, efflux i ograniczenie przepuszczalności

    Jak bakterie hydrolizują lub modyfikują lek, przebudowują i chronią cel, wypompowują antybiotyk oraz ograniczają jego napływ przez osłony komórkowe.

  • Oporność wrodzona, nabyta i tolerancja

    Jak odróżnić oporność wrodzoną i nabytą od tolerancji, persystencji, heterooporności i przejściowej adaptacji oraz jak dobrać właściwy pomiar do każdego fenotypu.

Epidemiologia

Miary, modele i procedury służące do opisu transmisji, ognisk, nadzoru i zakażeń związanych z opieką zdrowotną.