Mikrobiologia

Mikroorganizmy, laboratoria i biotechnologia od podstaw

Start
Podstawy
Mapa mikroświata ›
Czym zajmuje się mikrobiologia i gdzie przebiegają jej granice Gatunek, szczep, klon, izolat i kultura — pojęcia, których nie wolno używać zamiennie Wirus, wirion, bakteriofag, wiroid i prion — pięć różnych pojęć Bakterie, archeony i mikroorganizmy eukariotyczne — podobna skala, trzy różne historie Jak zapisuje się i aktualizuje nazwy mikroorganizmów Od fenotypu i 16S rRNA do ANI oraz klasyfikacji genomowej Historia mikrobiologii: od mikroskopu do metagenomiki Bakterie i archeony według funkcji
Komórka ›
Rozmiar, kształt i organizacja komórki prokariotycznej Błony, ściana i osłony bakterii Gram-dodatnich oraz Gram-ujemnych Transport przez błonę i homeostaza osmotyczna Nukleoid, rybosomy, cytoszkielet i materiały zapasowe Mikroprzedziały, magnetosomy, karboksysomy i pęcherzyki gazowe Endospory i inne formy przetrwalne Rzęski, fimbrie, ruch i chemotaksja
Wzrost i metabolizm ›
Co naprawdę przedstawia krzywa wzrostu populacji OD, JTK, liczba komórek i sucha masa — różne miary biomasy Temperatura, pH, tlen, zasolenie i ciśnienie jako czynniki wzrostu ATP, gradient protonowy i bilans redoks Glikoliza, cykl TCA i centralny metabolizm węgla Oddychanie tlenowe, beztlenowe i fermentacja Fototrofia, chemolitotrofia, metylotrofia i metabolizm C1 Stan stacjonarny, głód, persystencja i śmierć komórek
Genom
Genom bakterii ›
Chromosom, nukleoid, replikony i chromidy Replikacja i segregacja chromosomu bakteryjnego Mutacje oraz naprawa uszkodzeń DNA Operony, promotory i czynniki sigma Transkrypcja, translacja i ich sprzężenie u bakterii
Mobilom i ewolucja ›
Plazmid jako naturalny element mobilomu Transpozony, integrony, kasety i wyspy genomowe Transformacja, transdukcja i koniugacja
Wirusy i fagi ›
Budowa wirionu i typy genomów wirusowych Klasyfikacja Baltimore’a i jej ograniczenia Jak wirus wykorzystuje komórkę gospodarza Bakteriofagi: adsorpcja, cykl lityczny i lizogenia
Ekologia
Społeczności ›
Biofilm jako zorganizowana społeczność Macierz EPS, gradienty i heterogeniczność biofilmu Quorum sensing i komunikacja chemiczna
Siedliska ›
Gleba jako siedlisko mikroorganizmów Wody słodkie, osady i strefy redoks Ocean, pętla mikrobiologiczna i produkcja pierwotna
Cykle pierwiastków ›
Mikrobiologiczny obieg węgla i metanu Wiązanie azotu, nitryfikacja, denitryfikacja i anamoks
Mikrobiomy i One Health ›
Mikrobiota, mikrobiom i metagenom — terminy niezamienne Mikrobiom człowieka i pułapki wnioskowania przyczynowego One Health: człowiek, zwierzęta, rośliny i środowisko
Zakażenia
Patogeneza ›
Kolonizacja, zakażenie, choroba i nosicielstwo Wrota zakażenia, dawka i podatność gospodarza Adhezja, inwazja i rozsiew w organizmie Egzotoksyny, endotoksyna i superantygeny Bakteriemia, wiremia i sepsa — terminy niezamienne
Diagnostyka ›
Od pytania klinicznego do właściwej próbki Pobieranie, transport i przechowywanie materiału Kontaminacja próbki a rzeczywiste zakażenie Mikroskopia i barwienie w diagnostyce Posiew, kultura czysta i identyfikacja fenotypowa PCR, qPCR i diagnostyka syndromowa Czułość analityczna, kliniczna, swoistość i wartość predykcyjna
Leki i oporność ›
Cele działania antybiotyków MIC, MBC i strefa zahamowania wzrostu Enzymy unieczynniające, zmiana celu, efflux i ograniczenie przepuszczalności Oporność wrodzona, nabyta i tolerancja
Epidemiologia ›
Łańcuch epidemiczny i drogi transmisji Zapadalność, chorobowość, śmiertelność i letalność Endemia, epidemia, pandemia, ognisko i klaster
Biotechnologia
Od szczepu do produktu ›
Jak wybiera się bezpieczny organizm platformowy Szczep referencyjny, produkcyjny i izolat środowiskowy Inokulum, upstream, hodowla i downstream Hodowla okresowa, zasilana i ciągła Titer, yield i productivity — trzy miary procesu
Bioreaktory ›
Co kontroluje bioreaktor Mieszanie, napowietrzanie i transfer tlenu pH, temperatura, piana i odprowadzanie ciepła Bioreaktor mieszadłowy, airlift i kolumna barbotażowa Od kolby do bioreaktora — co nie skaluje się liniowo
Organizmy i produkty ›
Enzymy, kwasy organiczne i aminokwasy
Żywność i środowisko ›
Fermentacja mlekowa, alkoholowa i mieszana Aktywność wody, temperatura i trwałość mikrobiologiczna
Laboratorium
Organizacja pracowni ›
Laboratorium dydaktyczne, domowe i instytucjonalne Jak zaprojektować bezpieczny projekt mikrobiologiczny niskiego ryzyka Aseptyka i kontrola jałowości Etykietowanie, identyfikowalność i dokumentacja próbki Dlaczego nieznany izolat nie jest automatycznie bezpieczny
Techniki podstawowe ›
Podłoża ogólne, selektywne, różnicujące i wzbogacające Izolowanie kolonii a dowód czystości kultury Posiew redukcyjny, powierzchniowy, wgłębny i filtracja membranowa Mikroskop jasnego pola, kontrast fazowy i fluorescencja Spektrofotometria i pomiar gęstości optycznej Przechowywanie i transport kultur
Sprzęt mikrobiologiczny ›
Komora laminarna a komora bezpieczeństwa biologicznego — różnice sprzętowe
Bioanalityka i jakość ›
Kontrola dodatnia, ujemna, blank i materiał odniesienia Powtórzenie techniczne a biologiczne Dokładność, precyzja, odzysk, liniowość, LoD i LoQ Walidacja i weryfikacja metody Niepewność wyniku mikrobiologicznego
Bezpieczeństwo
Biosafety ›
Zagrożenie, ryzyko, ekspozycja i konsekwencja Ocena ryzyka przed rozpoczęciem pracy Grupa ryzyka organizmu a poziom zabezpieczeń laboratorium Aerozole jako niewidoczna droga ekspozycji Środki ochrony indywidualnej i zabezpieczenia pierwotne Dekontaminacja, dezynfekcja, sterylizacja i antyseptyka Odpady biologiczne i weryfikacja inaktywacji Rozlanie, zakłucie i inne incydenty laboratoryjne Laboratorium niskiego i wysokiego ryzyka — różnice bez instrukcji budowy Kiedy projekt wymaga laboratorium instytucjonalnego
Biosecurity ›
Biosafety a biosecurity Materiał, technologia i informacja podwójnego zastosowania
GMM i prawo ›
GMM i zamknięte użycie w Polsce Kategorie zagrożenia GMM
Kalkulatory
Modele i obliczenia ›
Parametry wzrostu z dwóch pomiarów Prognoza wzrostu populacji Czas wzrostu do wartości docelowej Kalkulator chemostatu i progu wypłukania Kalkulator kinetyki hodowli okresowej Kalkulator JTK z wielu płytek Planer szeregu rozcieńczeń Kalkulator uzysku, produktywności i bilansu substratu
Analiza i decyzje ›
Koszt zakłócenia fermentacji i wartość monitoringu Fałszywa epidemia — obciążenie laboratorium Bioreaktor jako cel cyberataku — odporność sterowania Patogen bez patogenu — bilans kampanii VLP Fabryka pod nadzorem — widoczność kampanii Wewnętrzny przeciwnik w biobanku — ekspozycja zasobów Atak na ciągłość chłodniczą — skutki odchylenia Czy dekontaminacja nadąży? — bilans inaktywacji Schemat dekontaminacji wyrobów według Spauldinga Porównywarka metod pomiaru biomasy Interaktywna mapa cykli biogeochemicznych Drzewo doboru metody identyfikacji mikroorganizmu
Dokumentacja ›
Wzrost populacji i czas generacji Chemostat i próg wypłukania Kinetyka hodowli okresowej JTK i szereg rozcieńczeń Uzysk, produktywność i bilans substratu Koszt zakłócenia fermentacji Fałszywy alarm i obciążenie laboratorium Odporność sterowania bioreaktorem Kampania VLP i cząstki jednocyklowe Widoczność śladów kampanii Architektura dostępu do biobanku Odchylenie ciągłości chłodniczej Zdolność dekontaminacji i inaktywacji Dekontaminacja wyrobów według Spauldinga Metody pomiaru biomasy Cykle biogeochemiczne Dobór metody identyfikacji mikroorganizmu
My
Misja O nas Redakcja Legalność treści Polityka AI

Mikrobiomy i One Health

Mikrobiomy gospodarzy i środowiska oraz wspólna perspektywa zdrowia ludzi, zwierząt, roślin i ekosystemów.

  • Mikrobiota, mikrobiom i metagenom — terminy niezamienne

    Precyzyjne rozróżnienie mikrobioty, mikrobiomu i metagenomu oraz tego, co naprawdę mierzą amplikony 16S/ITS, shotgun, MAG, metatranskryptom, metaproteom i metabolom.

  • Mikrobiom człowieka i pułapki wnioskowania przyczynowego

    Jak odróżnić korelację od przyczynowości w badaniach mikrobiomu: konfuzja, odwrotna zależność, czas, interwencje, transfery do modeli, mediacja i walidacja mechanizmu.

  • One Health: człowiek, zwierzęta, rośliny i środowisko

    Jak śledzić i przerywać przepływ patogenów, genów oporności i zanieczyszczeń między ludźmi, zwierzętami, roślinami, żywnością, wodą i ekosystemami.

polskie.ai genetyka.co.pl polskiatom.pl