Menu
Podstawy
Rozwiń
Mapa mikroświata
›
Czym zajmuje się mikrobiologia i gdzie przebiegają jej granice
Gatunek, szczep, klon, izolat i kultura — pojęcia, których nie wolno używać zamiennie
Wirus, wirion, bakteriofag, wiroid i prion — pięć różnych pojęć
Bakterie, archeony i mikroorganizmy eukariotyczne — podobna skala, trzy różne historie
Jak zapisuje się i aktualizuje nazwy mikroorganizmów
Od fenotypu i 16S rRNA do ANI oraz klasyfikacji genomowej
Historia mikrobiologii: od mikroskopu do metagenomiki
Bakterie i archeony według funkcji
Komórka
›
Rozmiar, kształt i organizacja komórki prokariotycznej
Błony, ściana i osłony bakterii Gram-dodatnich oraz Gram-ujemnych
Transport przez błonę i homeostaza osmotyczna
Nukleoid, rybosomy, cytoszkielet i materiały zapasowe
Mikroprzedziały, magnetosomy, karboksysomy i pęcherzyki gazowe
Endospory i inne formy przetrwalne
Rzęski, fimbrie, ruch i chemotaksja
Wzrost i metabolizm
›
Co naprawdę przedstawia krzywa wzrostu populacji
OD, JTK, liczba komórek i sucha masa — różne miary biomasy
Temperatura, pH, tlen, zasolenie i ciśnienie jako czynniki wzrostu
ATP, gradient protonowy i bilans redoks
Glikoliza, cykl TCA i centralny metabolizm węgla
Oddychanie tlenowe, beztlenowe i fermentacja
Fototrofia, chemolitotrofia, metylotrofia i metabolizm C1
Stan stacjonarny, głód, persystencja i śmierć komórek
Genom
Rozwiń
Genom bakterii
›
Chromosom, nukleoid, replikony i chromidy
Replikacja i segregacja chromosomu bakteryjnego
Mutacje oraz naprawa uszkodzeń DNA
Operony, promotory i czynniki sigma
Transkrypcja, translacja i ich sprzężenie u bakterii
Mobilom i ewolucja
›
Plazmid jako naturalny element mobilomu
Transpozony, integrony, kasety i wyspy genomowe
Transformacja, transdukcja i koniugacja
Wirusy i fagi
›
Budowa wirionu i typy genomów wirusowych
Klasyfikacja Baltimore’a i jej ograniczenia
Jak wirus wykorzystuje komórkę gospodarza
Bakteriofagi: adsorpcja, cykl lityczny i lizogenia
Ekologia
Rozwiń
Społeczności
›
Biofilm jako zorganizowana społeczność
Macierz EPS, gradienty i heterogeniczność biofilmu
Quorum sensing i komunikacja chemiczna
Siedliska
›
Gleba jako siedlisko mikroorganizmów
Wody słodkie, osady i strefy redoks
Ocean, pętla mikrobiologiczna i produkcja pierwotna
Cykle pierwiastków
›
Mikrobiologiczny obieg węgla i metanu
Wiązanie azotu, nitryfikacja, denitryfikacja i anamoks
Mikrobiomy i One Health
›
Mikrobiota, mikrobiom i metagenom — terminy niezamienne
Mikrobiom człowieka i pułapki wnioskowania przyczynowego
One Health: człowiek, zwierzęta, rośliny i środowisko
Zakażenia
Rozwiń
Patogeneza
›
Kolonizacja, zakażenie, choroba i nosicielstwo
Wrota zakażenia, dawka i podatność gospodarza
Adhezja, inwazja i rozsiew w organizmie
Egzotoksyny, endotoksyna i superantygeny
Bakteriemia, wiremia i sepsa — terminy niezamienne
Dżuma: biologia, klinika i epidemie
›
Dżuma: od Yersinia pestis do choroby człowieka — biologia, transmisja, objawy i współczesne ryzyko
Diagnostyka
›
Od pytania klinicznego do właściwej próbki
Pobieranie, transport i przechowywanie materiału
Kontaminacja próbki a rzeczywiste zakażenie
Mikroskopia i barwienie w diagnostyce
Posiew, kultura czysta i identyfikacja fenotypowa
PCR, qPCR i diagnostyka syndromowa
Czułość analityczna, kliniczna, swoistość i wartość predykcyjna
Leki i oporność
›
Cele działania antybiotyków
MIC, MBC i strefa zahamowania wzrostu
Enzymy unieczynniające, zmiana celu, efflux i ograniczenie przepuszczalności
Oporność wrodzona, nabyta i tolerancja
Epidemiologia
›
Łańcuch epidemiczny i drogi transmisji
Zapadalność, chorobowość, śmiertelność i letalność
Endemia, epidemia, pandemia, ognisko i klaster
Biotechnologia
Rozwiń
Od szczepu do produktu
›
Jak wybiera się bezpieczny organizm platformowy
Szczep referencyjny, produkcyjny i izolat środowiskowy
Inokulum, upstream, hodowla i downstream
Hodowla okresowa, zasilana i ciągła
Titer, yield i productivity — trzy miary procesu
Bioreaktory
›
Co kontroluje bioreaktor
Mieszanie, napowietrzanie i transfer tlenu
pH, temperatura, piana i odprowadzanie ciepła
Bioreaktor mieszadłowy, airlift i kolumna barbotażowa
Od kolby do bioreaktora — co nie skaluje się liniowo
Organizmy i produkty
›
Enzymy, kwasy organiczne i aminokwasy
Żywność i środowisko
›
Fermentacja mlekowa, alkoholowa i mieszana
Aktywność wody, temperatura i trwałość mikrobiologiczna
Laboratorium
Rozwiń
Organizacja pracowni
›
Laboratorium dydaktyczne, domowe i instytucjonalne
Jak zaprojektować bezpieczny projekt mikrobiologiczny niskiego ryzyka
Aseptyka i kontrola jałowości
Etykietowanie, identyfikowalność i dokumentacja próbki
Dlaczego nieznany izolat nie jest automatycznie bezpieczny
Techniki podstawowe
›
Podłoża ogólne, selektywne, różnicujące i wzbogacające
Izolowanie kolonii a dowód czystości kultury
Posiew redukcyjny, powierzchniowy, wgłębny i filtracja membranowa
Mikroskop jasnego pola, kontrast fazowy i fluorescencja
Spektrofotometria i pomiar gęstości optycznej
Przechowywanie i transport kultur
Sprzęt podstawowy
›
Cieplarki: Memmert IN/IF, Binder BD i Thermo Scientific Heratherm
Wirówki: Eppendorf 5430 R i 5810 R, Thermo Sorvall ST 8 oraz Hettich Rotanta
Sprzęt mikrobiologiczny
›
Komora laminarna a komora bezpieczeństwa biologicznego — różnice sprzętowe
Czytniki OD: Biochrom WPA CO8000, Eppendorf BioSpectrometer i DeNovix DS-11
Sprzęt procesowy
›
Bioreaktory laboratoryjne: Sartorius BIOSTAT B, Eppendorf BioFlo 120 i INFORS Minifors 2
Bioanalityka i jakość
›
Chromatografy HPLC: Agilent 1260 Infinity II, Waters Arc i Shimadzu Nexera
Mikroskopy: Olympus BX43, Leica DM i Zeiss Axio — dobór do mikrobiologii
Kontrola dodatnia, ujemna, blank i materiał odniesienia
Powtórzenie techniczne a biologiczne
Dokładność, precyzja, odzysk, liniowość, LoD i LoQ
Walidacja i weryfikacja metody
Niepewność wyniku mikrobiologicznego
Bezpieczeństwo
Rozwiń
Biosafety
›
Zagrożenie, ryzyko, ekspozycja i konsekwencja
Ocena ryzyka przed rozpoczęciem pracy
Grupa ryzyka organizmu a poziom zabezpieczeń laboratorium
Aerozole jako niewidoczna droga ekspozycji
Środki ochrony indywidualnej i zabezpieczenia pierwotne
Dekontaminacja, dezynfekcja, sterylizacja i antyseptyka
Odpady biologiczne i weryfikacja inaktywacji
Rozlanie, zakłucie i inne incydenty laboratoryjne
Laboratorium niskiego i wysokiego ryzyka — różnice bez instrukcji budowy
Kiedy projekt wymaga laboratorium instytucjonalnego
Biosecurity
›
Biosafety a biosecurity
Materiał, technologia i informacja podwójnego zastosowania
GMM i prawo
›
GMM i zamknięte użycie w Polsce
Kategorie zagrożenia GMM
Kalkulatory
Rozwiń
Modele i obliczenia
›
Parametry wzrostu z dwóch pomiarów
Prognoza wzrostu populacji
Czas wzrostu do wartości docelowej
Kalkulator chemostatu i progu wypłukania
Kalkulator kinetyki hodowli okresowej
Kalkulator JTK z wielu płytek
Planer szeregu rozcieńczeń
Kalkulator uzysku, produktywności i bilansu substratu
Analiza i decyzje
›
Koszt zakłócenia fermentacji i wartość monitoringu
Fałszywa epidemia — obciążenie laboratorium
Bioreaktor jako cel cyberataku — odporność sterowania
Patogen bez patogenu — bilans kampanii VLP
Fabryka pod nadzorem — widoczność kampanii
Wewnętrzny przeciwnik w biobanku — ekspozycja zasobów
Atak na ciągłość chłodniczą — skutki odchylenia
Czy dekontaminacja nadąży? — bilans inaktywacji
Schemat dekontaminacji wyrobów według Spauldinga
Porównywarka metod pomiaru biomasy
Interaktywna mapa cykli biogeochemicznych
Drzewo doboru metody identyfikacji mikroorganizmu
Dokumentacja
›
Wzrost populacji i czas generacji
Chemostat i próg wypłukania
Kinetyka hodowli okresowej
JTK i szereg rozcieńczeń
Uzysk, produktywność i bilans substratu
Koszt zakłócenia fermentacji
Fałszywy alarm i obciążenie laboratorium
Odporność sterowania bioreaktorem
Kampania VLP i cząstki jednocyklowe
Widoczność śladów kampanii
Architektura dostępu do biobanku
Odchylenie ciągłości chłodniczej
Zdolność dekontaminacji i inaktywacji
Dekontaminacja wyrobów według Spauldinga
Metody pomiaru biomasy
Cykle biogeochemiczne
Dobór metody identyfikacji mikroorganizmu
My
Rozwiń
Misja
O nas
Redakcja
Legalność treści
Polityka AI
„Fabryka pod nadzorem” — ślad kampanii
Dokumentacja:
kanały ewidencyjne, wagi, interpretacja i ograniczenia indeksu
.
Defensywna mapa kanałów ewidencyjnych. Używa wyłącznie klas wielkości procesu i poziomów kontroli; nie odtwarza realnej produkcji i nie oblicza sposobu uniknięcia wykrycia.
Klasa procesu
mały
średni
duży
Przegląd ręczny [dni]
Inwentaryzacja [dni]
Materiały jednorazowe
brak
kontrola ręczna
kontrola automatyczna
Cykle sterylizacji
brak
kontrola ręczna
kontrola automatyczna
Odpady
brak
kontrola ręczna
kontrola automatyczna
Próbki QC
brak
kontrola ręczna
kontrola automatyczna
Alarmy instalacji
brak
kontrola ręczna
kontrola automatyczna
Rozbieżności ewidencyjne
brak
kontrola ręczna
kontrola automatyczna
Oceń widoczność śladów