- Gleba jako siedlisko mikroorganizmów
Gleba jako porowaty, wielofazowy reaktor: agregaty, filmy wodne, mikrostrefy tlenowe i beztlenowe, materia organiczna, sieć troficzna oraz właściwe metody próbkowania.
- Wody słodkie, osady i strefy redoks
Jeziora, rzeki i osady jako układy transportu i reakcji: stratyfikacja, tlen, pionowe strefy redoks, materia organiczna, strefa hyporeiczna oraz metody pomiaru.
- Ocean, pętla mikrobiologiczna i produkcja pierwotna
Mikrobiologiczny obieg materii w oceanie: produkcja pierwotna, DOM i pętla mikrobiologiczna, wirusy, marine snow, pompa biologiczna oraz życie głębinowe.
Siedliska
Środowiska naturalne i techniczne jako odmienne układy selekcji, transportu i aktywności mikroorganizmów.